Nach dem Krieg wurde das ehemals zum Gericht gehörige Haftgebäude von sowjetischen Besatzungsorganen für politische Gefangene genutzt. Später ging es auf die Stasi über. Zusammen mit der Untersuchungshaftanstalt in Hohenschönhausen (UHA I) war die UHA II der zentrale Untersuchungshaftkomplex des Ministeriums für Staatssicherheit. Während in Hohenschönhausen, die längeren Aufenthalte und Verhöre stattfanden, diente die Magdalenenstraße Verhören bei Festnahmen, Zuführungen ohne Haft, Häftlingssprechern mit Verwandten, Anwälten und bei Ausländern diplomatischen Vertretern. Sie war auf Durchgangshaftanstalt für die Strafhaft oder bei Entlassungen nach Westberlin und in die Bundesrepublik. 

Bei der Stasi-Auflösung wurde die Bedeutung des Ortes, an dem allein in dern Nachkriegszeit ca 200 Personen zum Tode vorurteilt worden waren, vollkommen unterschätzt. Die Haftanstalt wurde modernisiert und dient -wie vor dem Krieg- der Berliner Justiz als Frauenhaftanstalt. Mit dem vom Verein Bürgerkomitee 15. Januar e.V. initiierten Denkort am Roedelius Platz sollte wenigstens an die Rechtsbrüche auch in diesem Ort erinnert werden.